Разработана мультиплексная система для анализа методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ) дополнительных регуляторных последовательностей, встраиваемых в геном ГМ растений - промотора SsuAra и терминатора Е9, и оценки наличия растительной ДНК в исследуемых образцах. Показана 100% специфичность используемых праймеров и зондов при исследовании 28 ГМ линий 5 видов растений и 9 видов растений, наиболее часто встречающихся в продуктах питания и кормах, а также не ГМ-растений. Предел обнаружения регуляторных последовательностей при концентрации растительной ДНК 500 нг в пробе составил 0,01% ГМ линии, при концентрации растительной ДНК 5 нг в пробе - 0,1% ГМ линии, при концентрации 1 нг в пробе - 1% ГМ линии. Эффективность и чувствительность каждой из четырех реакций, входящих в мультиплексную систему, полностью совпадали с аналогичными характеристиками для моноплексных систем. На основе разработанной мультиплексной ПЦР-РВ системы валидирован набор реагентов Растение/SsuAra/E9/ВПК. Эффективность ПЦР-РВ для разработанного набора реагентов составила более 95%. Подтверждена 100% повторяемость и воспроизводимость результатов анализа. Набор может быть использован для скрининг-анализа любых растений с целью обнаружения ДНК ГМО, особенно при исследовании таких видов растений как рапс, картофель, соя, хлопок, в геномах ГМ линий которых наиболее часто встречаются промотор SsuAra и терминатор Е9.