Изучен состав микромицетов пород и отложений пещеры Киндерлинская, которая расположена в Республике Башкоркостан. Пещера представляет собой многоярусную систему ходов и галерей и имеет протяженность 7900 метров. Температура воздуха в пещере находится в диапазоне 4-8?С, а влажность 60-100%. Исследование проводилось в период с 2011 по 2014 годы. Всего в исследование включено 50 участков в пещере и 80 образцов почв с поверхности. Отбор образцов проходил в различные сезоны в пещере, на поверхности непосредственно над пещерой и в зоне водозабора полости. Для выявления видового состава микромицетов использован набор стандартных сред и вытяжки из субстратов пещеры. Культивирование микромицетов проводили в широком диапазоне температур с целью выделения наибольшего количества видов. Часть посевов проводили непосредственно в пещере. В результате определено 109 видов микромицетов. Все виды грибов, обнаруженные в почве на поверхности, были найдены и в пещере. В процессе исследования отмечено увеличение численности видов в пробах, что может быть связано с антропогенным воздействием. Выявлено, что зачатки микромицетов поступают с поверхности в пещеру с водными потоками. Видовое богатство грибов наибольшее на участках богатых органическим веществом, в том числе антропогенного происхождения. Проведенные очистные работы не способствовали снижению видового разнообразия микромицетов в пещере. Виды с высокой встречаемостью в пещере, и в почвах на поверхности над пещерой и в зоне водозабора не совпадали.