В работе выполнен анализ генотипов лошадей карачаевской породы из шести различных хозяйств Карачаево-Черкесской Республики по 41 локусу с применением методов генотипирования продуктов амплификации фрагментов геномной ДНК лошадей, фланкированных инвертированными повторами участков микросателлитных локусов (AG)9C, (GA)9C и (GAG)6C с использованием полимеразной цепной реакции (Inter-Simple Sequence Repeats - ISSR-PCR маркеры). На основании генотипирования 376 лошадей по 41 локусу можно сделать заключение о генетической дифференциации лошадей, воспроизводившихся в разных хозяйствах. По праймеру (GAG)6C у исследованных лошадей найдено наименьшее количество полиморфных локусов - 16,6%, по праймеру (AG)9C - 23,3%, наибольшее значение было получено по праймеру (GA)9C - 35,7%. Получены данные, свидетельствующие о достаточно высокой степени консолидированности исследованной группы животных. Относительно повышенным полиморфизмом отличались спектры продуктов амплификации у лошадей из ООО Икар, а наибольшей консолидированностью обладали животные из хозяйства Карплемхоз.