Исследование молекулярной филогении 10 видов рода Petrosimonia с использованием маркеров показало его монофилию. Часть видов кластеризуются в три группы. Другие виды не группируются с выявленными кластерами и занимают базальное положение. Виды, образующие кластеры, имеют один фрагмент NTS. Виды с несколькими фрагментами NTS, группирующиеся с другими видами с низкой статистической поддержкой или занимающие базальное положение в кладе, имеют гибридное происхождение, но уже гомогенизированные последовательности ITSI, 2 ярДНК. Использование этих последовательностей для филогении не отражает реального филогенетического положения исследуемых видов и приводит к неправильным реконструкциям эволюции таксонов.