Физическое картирование генов имеет большое практическое значение. Оно позволяет идентифицировать не только индивидуальные хромосомы, но и отдельные сегменты. Результаты физического картирования могут быть использованы в селекции. Полученные знания о физическом положении генов на хромосомах позволяют прогнозировать возможности их переноса от одного генотипа к другому, определять размеры селекционной популяции, время и экономические затраты на получение нужных форм.