Животный мир в Якутии богат и разнообразен, но эпизоотическая ситуация республики по инфекционным болезням диких животных остается слабоизученной. В литературе практически отсутствуют сообщения об изучении микробиоты диких копытных Арктики и Субарктики. Изучение микробиома диких животных является не только актуальным, но и информативным исследованием, так как микробиота – чуткий индикатор, реагирующий на многие факторы внешней и внутренней среды организма. Целью исследований стало изучение микробиома диких животных в арктической и субарктической зонах России. В статье представлены результаты исследования кишечной микробиоты сибирской косули. Исследован биологический материал – тонкий и толстый отделы кишечника (просветная и пристеночная микробиота). Для количественного учета микроорганизмов применяли общепринятый метод разведений. Анализ полученных результатов показал, что у исследованных сибирских косуль (43 гол.) в нормальной микробиоте (пристеночной и просветной) доминируют аэробные бациллы рода Bacillus – до 88–100% соответственно. Значительно им уступают основные представители нормофлоры кишечника: бифидобактерии (от 61,3–68,1%), лактобактерии (36,3–63,6%), энтерококки (59–66%) и лактозоположительные эшерихии (54,5–59%). В количественном отношении в кишечном микробиоценозе косуль отмечено также сравнительное высокое число бацилл (до 104 КОЕ/г), на порядок меньше – лактобактерий, энтерококков и лактозоположительных эшерихий, значительно в малом количестве (до 101 КОЕ/г) зарегистрированы бифидобактерии. При исследовании материала, взятого от трупов павших косуль, установлено отсутствие представителей нормальной микрофлоры, кроме лактозоположительных эшерихий, которые обнаружены в пристеночном содержимом. При микробиологическом исследовании патматериала (паренхиматозных органов и кишечника) выделены потенциальные энтеропатогены – лактозонегативные эшерихии, которые при дальнейшем исследовании идентифицированы как Salmonella abortus equi с высокой вирулентностью к лабораторным животным. Проведенные исследования показали выраженный дисбактериоз у павших косуль кишечника, который характеризуется отсутствием основных представителей нормальной микрофлоры наряду с преобладанием в большом количестве потенциальных энтеропатогенов до 104 КОЕ/г. Наличие в кишечной микробиоте косуль высоковирулентного возбудителя сальмонеллеза указывает на их этиологическую роль в причине падежа животных. Таким образом, обобщая результаты проведенных исследований, можно заключить, что в кишечной микробиоте сибирской косули доминируют аэробные бациллы рода Bacillus, и именно они выполняют основную защитную функцию от патогенных микроорганизмов. //The fauna of Yakutia is rich and diverse, but the epizootic situation of the republic with regard to infectious diseases of wild animals remains poorly studied. There are practically no reports in the literature on the study of the microbiota of wild ungulates of the Arctic and Subarctic. The study of the microbiome of wild animals is not only relevant but also informative research, as the microbiota is a sensitive indicator that responds to many factors of the external and internal environment of the body. The aim is to study the microbiome of wild animals in the Arctic and Subarctic zones of Russia. The article presents the results of the study of the intestinal microbiota of Siberian roe deer. The biological material (thin and thick sections of the intestine (lumen and wall microbiota)) was studied. The generally accepted dilution method was used for quantitative counting of microorganisms. Analysis of the results showed that in the studied Siberian roe deer (43 heads), aerobic bacilli of the genus Bacillus dominate in the normal microbiota (wall and lumen) up to 88–100% (respectively), the main representatives of the intestinal normoflora are significantly inferior to them are: bifidobacteria (61.3–68.1%), lactobacilli (36.3–63.6%), enterococci (59–66%), and lactosepositive escherichia (54.5–59%). Quantitatively, the intestinal microbiocenosis of roe deer showed 135 a comparatively high number of bacilli – up to 104 CFU/g, the number of lactobacilli, enterococci and lactose-positive escherichia was much less, and bifidobacteria were registered in a significantly low amount – up to 101 CFU/g. Examination of material taken from the carcasses of dead roe deer revealed the absence of representatives of normal microflora, except for lactose-positive escherichia, which were found in the wall contents. Microbiological examination of the post-mortem material (parenchymal organs and intestines) revealed potential enteropathogens – lactose-negative escherichia, which, were further identified as Salmonella abortus equi, with high virulence to laboratory animals. The conducted studies showed pronounced intestinal dysbiosis in fallen roe deer, which is characterised by the absence of the main representatives of normal microflora along with the predominance of a large number of potential enteropathogens up to 104 CFU/g. The presence of a highly virulent causative agent of salmonellosis in the intestinal microbiota of roe deer indicates their etiological role in the cause of animal deaths. Thus, summarizing the results of the conducted studies, it can be concluded that aerobic bacilli of the genus Bacillus dominate in the intestinal microbiota of the Siberian roe deer and they have the main protective function against pathogenic microorganisms.