В данной статье рассмотрены проблемы обеззараживания и использования сточных вод животноводческих комплексов. Актуальность этой проблемы обусловлена большим количеством образующихся животноводческих стоков, что связанно с переводом на бесподстилочное содержание животных с применением систем гидросмыва. Данное обстоятельство привело к серьезному обострению проблемы охраны окружающей среды: нитратному и микробному загрязнению почв, воздуха, поверхностных и грунтовых вод, поскольку аграрный сектор занимает значительное место в экономике страны и имеется большое количество животноводческих комплексов. Микробное и общее загрязнение в районе расположения таких комплексов во много раз превышает естественный фон.