Представлены результаты, по экологической оценке, водных экосистем Московского региона (р. Жабенка (Большой садовый пруд, САО) и Ногинского района (Голубые озёра, Бисерово озеро). Данные исследования проводились в системе локального мониторинга с целью устранения «белых пятен» в системе государственного экологического мониторинга Московской области. По результатам сравнительной экологической комплексной оценки показателей и расчета индекса Майера исследованных проб водных экосистем, установлено, что наилучшее экологического состояние показано по акватории Голубого озера в Ногинском районе и Большого садового пруда на территории Московской сельскохозяйственной академии (г. Москва).