Для управления чрезвычайными ситуациями как сложными динамическими объектами необходимо создание гибких структур управления. Особенностью системы управления чрезвычайными ситуациями является то, что под командованием руководителя функциональных подразделений мобильной оперативной группы могут формироваться различные структуры управления. Эффективность и возможности каждой из структур можно оценить заранее на основе компьютерного моделирования для различных возможных реальных ситуаций. В принципе, это позволяет повысить эффективность работы информационной системы поддержки принятия решений, в том числе и при ликвидации ЧС за счет быстрых расчетов на основе реальных параметров развития ЧС.