Внесение высоких доз помета в почву (более 100 т/га) приводит к загрязнению вод нитратами, фосфатами, водорастворимым органическим веществом. Миграция биофильных элементов и токсикантов возрастает при легком гранулометрическом составе почв и пород, близком уровне грунтовых вод, при развитии водной эрозии. Доказывается необходимость учета при определении допустимых доз помета существующего загрязнения вод и лимита на выброс токсикантов в локальном районе.