Бассейн реки Сырдарьи представляет собой природно-хозяйственную систему, где взаимосвязаны природные, экономические и социально-демографические процессы, определяющие совокупную антропогенную нагрузку природной системы. Для оценки техногенной нагрузки предложено методологическое обеспечение, которое апробировано в низовьях бассейна реки Сырдарьи, с использованием информационно-аналитических материалов службы государственной статистики по Кызылординской области, Комитета по водным ресурсам Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан и Арало-Сырдарьинского бассейнового водохозяйственного управления. Показано, что антропогенная деятельность в низовьях реки Сырдарьи явилась одной из основных причин деградации природных компонентов из-за преобладания потребительского неконтролируемого использования ресурсов и отсутствия методов экологической оценки состояния природных систем. Обобщен многолетний опыт системы земледелия, результаты теоретических и производственных исследований и разработанных на их основе методов оценки возможных изменений природных процессов. На основе анализа показателей хозяйственного использования территории бассейна в низовьях реки Сырдарьи проведена оценка антропогенной нагрузки на ландшафтную систему и выделено четыре группы интенсивности от низкой (4 балла) до очень высокой (8 баллов).Отмечается, что по в результате антропогенной деятельности территория Кызылординской области находится в достаточно высокой геоэкологической нагрузке, то есть бассейн в низовьях реки Сырдарьи относится к регионам с высокими техногенными нагрузками. Выполненное эколого-экономическое районирование территории, на основе оценки техногенной нагрузки в результате антропогенной деятельности может послужить основой для разработки ряда мероприятий, направленных на решение водохозяйственных проблем в бассейне трансграничной реки Сырдарьи.