В статье рассматриваются проблемы учета особенностей оценки эколого-экономической эффективности инвестиционных проектов и пути их решения. Доказывается, что специфика оценки эколого-экономической эффективности инвестиционных проектов заключается в высокой вероятности того, что представление критически значимых эффектов реализации экологических проектов в денежной форме окажется невозможным; необходимости оценки предотвращенных экологических ущербов и вероятности их наступления; повышенной значимости ликвидационной стадии проекта, обусловленной рисками накопления негативных экологических последствий к концу его жизненного цикла; целесообразности использования пониженной ставки дисконтирования по сравнению с рыночной; целесообразности применения сценарного метода анализа динамики денежных потоков по проекту для учета инвестиционных рисков реализации экологических проектов (в отличие от наиболее распространенной практики применения метода «премии за риск»); целесообразности отказа от использования традиционных методов оценки фактической эффективности инвестиционных проектов в пользу метода PART (Program Assessment Rating Tool).