Существование малых рек на территориях крупных городов во все времена было связано с большой антропогенной нагрузкой, что, несомненно, приводит к нарушению естественного состояния рек. Отмечается, что Сетунь имеет очень высокий потенциал для выполнения рекреационных, эколого-просветительских, оздоровительных функций. Рассматривается вопрос разработки концепции реабилитации водотока. Долина реки Сетунь является уникальным объектом не только в плане рекреации, но и может служить идеальным научным полигоном для оценки влияния антропогенного фактора на самые разнообразные элементы природной среды. В результате проведенных в 2010-2012 гг. натурных исследований были обнаружены в пределах береговой зоны водотока целые комплексы эрозионных форм. Отмечается, что из-за незаконного землепользования зоны, доступные для посещения, составляют примерно 55 % от общей площади. Анализ состояния акустической среды показал,что в целом территория природного заказника «Долина реки Сетунь» находится в неблагоприятных условиях. Основной источник шума - автотранспортные потоки по МКАД, Можайскому, Аминьевскому, Минскому шоссе и улице Рябиновой (73...87 дБА),а также железная дорога (74...72 дБА). Таким образом, нормативного уровня можно достичь только в результате применения шумозащитных мероприятий. Реализация рассмотренных в статье мероприятий позволит сохранить те немногие места на территории Москвы,соединяющих ее центр с окраинами,на которых возможно не только сохранение для столицы характерных видов флоры и фауны,но и их воспроизводство в естественных условиях.