Разработаны методические подходы к оценке социально-экономической эффективности затрат на эксплуатацию мелиоративных объектов федеральной собственности, учитывающие хозяйственные, экологические и социально-экономические условия сельскохозяйственных предприятий и водохозяйственных эксплуатационных организаций и направленные на повышение эффективности использования бюджетных средств на эксплуатацию мелиоративных систем. Отмечается,что в условиях обострения экономических проблем в различных отраслях экономики РФ, включая сельское хозяйство, возникает необходимость в повышении эффективности использования бюджетных ресурсов. Выявлены особенности механизма финансирования и хозяйственной деятельности водохозяйственных эксплуатационных организаций. Разработан научно-обоснованный подход для расчета размера прибыли водохозяйственной эксплуатационной организации при определении показателей оценки эффективности затрат на эксплуатацию мелиоративных систем.