Вопросы оптимизации использования водных объектов и сохранения экосистемы урбанизированных территорий включены в ключевые задачи Национальных проектов и целевых программ федерального уровня. Рассмотрены факторы ухудшения экосистемы при ландшафтно-рекреационном развитии городов и малых поселений. Установлена зависимость между функционально-структурной насыщенностью водохозяйственных комплексов и способностью восстановления экосистемы. Цель: снижение рисков функционирования водохозяйственных комплексов при развитии городов и малых поселений путем разработки механизма управления экосистемой малых рек и водоемов. Методы исследований: исследования базируются на интеграции теории больших систем, теории вероятности с механизмами цифрового регулирования, базовыми моделями булевой алгебры и аналитического анализа. Результаты: обоснована необходимость моделирования урбанистических зон с верификацией технических решений водохозяйственного комплекса, гармонизированного с природной средой. Разработан алгоритм научно-технического сопровождения механизма управления устойчивостью экосистемы. Предложена концептуальная модель контроля рисков развития городов и малых поселений, акцентированная на механизме управления программами реновации инфраструктуры водохозяйственных комплексов с учетом риск-факторного анализа изменения экосистемы. Введение цифрового индикатора, определяющего уровень гармонизированной устойчивости функционирования инженерных систем водоохранного комплекса в природной среде как дополнительного индикатора экономической и экологической деятельности регионов, позволяет создать в функционально-структурном водохозяйственном комплексе механизм управления экосистемой, испытывающей высокую антропогенную нагрузку. / The issues of optimizing the use of water bodies and preserving the ecosystem of urban areas are included in the key tasks of national projects and targeted programs at the federal level. Ecosystem deterioration factors are considered in landscape-recreational development of cities and small settlements. The relationship between the functional – structural saturation of water management complexes and the ability to restore the ecosystem is established. Purpose: to reduce the risks of the functioning of water management complexes during the development of cities and small settlements by developing a mechanism for managing the ecosystem of small rivers and water bodies. Research methods: research is based on the integration of the theory of large systems, probability theory with digital control mechanisms, basic models of Boolean algebra and analytical analysis. Results: the necessity of modeling urban areas with verification of technical solutions of the water management complex harmonized with the natural environment is substantiated. An algorithm for scientific and technical support of the ecosystem sustainability management mechanism has been developed. A conceptual model for controlling the risks of the development of cities and small settlements is proposed, focusing on the mechanism for managing the renovation programs of the infrastructure of water management complexes taking into account the risk factor analysis of ecosystem changes. The introduction of a digital indicator that determines the level of harmonized stability of the functioning of engineering systems of the water protection complex in the natural environment as an additional indicator of the economic and environmental activities of the regions allows creating a mechanism for managing an ecosystem experiencing high anthropogenic load in a functional structural water management complex.