В статье рассматрено новые формы межрегионального взаимодействия при решении проблем комплексного развития экосистем. Дано описание деления территории Российской Федерации в соответствии с функционирующими в настоящее время ассоциациями экономического взаимодействия. Наиболее подробно рассмотрена деятельность ассоциации межрегионального социально-экономического взаимодействия «Центральный Федеральный Округ» в решении ряда стратегически-значимых вопросов региона, в том числе обеспечение экологической безопасности территорий. Приводятся данные экологической обстановки, сложившейся в центральном регионе. Дается оценка потенциала развития межрегиональных ассоциаций как механизма стимулирующего экономический рост. Анализируются плановые мероприятия, проводимые ассоциацией, главной задачей которых является координация межрегионального сотрудничества в выработке единой политики в сфере охраны окружающей среды. При решении вопросов экологии необходимо повышать эффективность взаимодействия органов государственной власти с некоммерческими организациями. Важно сотрудничество законодательной, исполнительной и правоохранительной властей, представителей природоохранных структур, учебных и научных организаций не только на уровне субъекта, но и региона в целом. Только благодаря совместной налаженной деятельности могу быть достигнуты положительные результаты устойчивого развития. Объективный анализ показал, что в целом эффективность работы межрегиональных ассоциаций в настоящее время ниже их потенциальных возможностей. Отмечается, что при решении вопросов устойчивого развития, обеспечения экологической безопасности функционирования территорий, роль рассматриваемых ассоциаций может быть существенно усилена.