Произведен анализ исследований, связанных с использованием молекулярных маркеров в генетическом анализе животных. Показано, что они обладают очевидным преимуществам перед обычными фенотипическими маркерами, так как они высоко полиморфны, более многочисленны, нейтральны к отбору, более стабильны и воспроизводимы и наименее подвержены влиянию факторов окружающей среды. Приведены данные об эффективности использования микросателлитов для характеристики генетического разнообразия и генетической структуры разных пород лошадей.