В исследовании проведен анализ генетической структуры российского поголовья коз альпийской и нубийской пород коз по локусам CSN1S1 (аллели В1, В2, В3, В4, С) и CSN1S2 (аллели А и В). Выявлено, что наибольшей частотой встречаемости в локусе CSN1S1 в альпийской породе представлены козы с генотипом B1, B3, а в нубийской – с генотипом СС, а в локусе CSN1S2 для обеих пород – с генотипом АА. Не выявлено достоверных различий между животными разных генотипов по локусу CSN1S1 ни в альпийской, ни в нубийской породе, в то же время установлено, что животные генотипа АА в локусе CSN1S2 достоверно превосходят коз других генотипов по среднему содержанию казеина (для обеих пород) и среднему содержанию белка (в альпийской породе). Предпочтительным генотипом для отбора животных на повышение сыропригодности молока и его гипоаллергенных качеств является CSN1S1CC/CSN1S2AA. /The study analyzed the genetic structure of the Russian goat population of Alpine and Nubian goat breeds by loci CSN1S1 (alleles B1, B2, B3, B4, C) and CSN1S2 (alleles A and B). It was revealed that the highest frequency of occurrence in the CSN1S1 locus in the Alpine breed is represented by goats with the B1, B3 genotype, and in the Nubian – with the CC genotype, and in the CSN1S2 locus for both breeds – with the AA genotype. There were no significant differences between animals of different genotypes at the CSN1S1 locus in either the Alpine or Nubian breeds, at the same time, it was found that animals of the AA genotype at the CSN1S2 locus significantly surpass goats of other genotypes in terms of average casein content (for both breeds) and average protein content (in the Alpine breed). The preferred genotype for the selection of animals to increase the cheese suitability of milk and its hypoallergenic qualities is CSN1S1CC/CSN1S2AA.