А. И. Пупонин - профессор, доктор сельскохозяйственных наук, академик Российской академии сельскохозяйственных наук, член президиума РАСХН, академик Международной академии информатизации, председатель экспертного совета Всероссийской Аттестационной комиссии по агрономии и лесному хозяйству. За достижения в научно-педагогической, производственной и общественной деятельности А. И. Пупонин отмечен двумя правительственными наградами.