С целью внедрения в практику козоводства современных методов селекции для совершенствования продуктивных качеств молочных коз необходимы исследования вариантов генетического полиморфизма, ассоциированных с различными показателями продуктивности, такими как удой, содержание жира и белка в молоке. Исследование полиморфизма в гене каппа-казеина и его влияние на продуктивность проводилось на коз альпийской и нубийской пород. Установлено, что наиболее распространенным оказался гетерозиготный генотип ТС, который выявлялся с частотой от 0.60 до 0.63, гомозиготы с генотипом СС встречались с частотами 0.17 и 0.28. В молоке коз обеих пород наибольший уровень белка (3,41% и 4,31%) и жира (4,53 и 5,19%) был у коз-носителей СС-генотипа, и был достоверно выше, чем у носителей других генотипов. Превышение по содержанию сухих веществ в молоке этих животных определило меньший удой, который был в среднем ниже, чем у носителей других генотипов на 2,71% в альпийской и на 6,4% – нубийской породах.