В статье рассмотрели методологию моделирования системы комфорта содержания сельскохозяйственных животных, содержащей 4 подсистемы. Установили основные параметры, требующие регулирования в животноводческих помещениях (температура, влажность воздуха и его подвижность, содержание в нем углекислого газа, аммиака, сероводорода, концентрация пыли и наличие в воздухе микрофлоры). Показали две системы управления комфортом содержания животных: с независимыми подсистемами и единым устройством управления, определили более эффективную систему. Установили основные этапы для моделирования системы микроклимата. Определили в качестве критерия оптимизации обобщенный коэффициент эффективности содержания животных, обеспечивающий количественную оценку соответствия данной системы своему назначению и качественные показатели. Предложили алгоритм моделирования системы комфортного содержания животных, на основе которого строится программирование процесса и определяется обобщенный коэффициент эффективности содержания животных для соответст-вующего отрезка времени. Полученный алгоритм представляет собой циклическую структуру и определяет температуры в животноводческом помещении с учетом установленных в нем оборудования и машин. Установили последовательность расчета температурного режима. Моделирование работы отопительных устройств выполнено на основе уравнения теплового баланса в животноводческих помещениях с использованием расчетных температур входящих потоков и регламентируемых температур внутри помещения. На конечном этапе моделирования сравнительный анализ расчетного обобщенного коэффициента эффективности содержания животных и нормативного коэффициент эффективности с учетом необходимого по варьированию параметра дает возможность определить наиболее благоприятный вариант комплектования оборудования микроклимата, что позволяет рекомендовать моделирующий алгоритм системы комфорта содержания животных для анализа вероятностных характеристик функционирования системы человек-машина-животное в отношении зоотехнологической оптимизации микроклимата.