• Электронно-библиотечная система
    РГАУ-МСХА имени К. А. Тимирязева

Вход в систему
Инструкция по поиску

Детальная информация

Название Анализ изменчивости хлоропластного генома у представителей рода Helianthus L.: защищена ..2024
Авторы Михайлов А. В.
Научный руководитель Горюнов Д. В.; Поливанова О. Б.
Организация Российский государственный аграрный университет - МСХА имени К. А. Тимирязева; Институт агробиотехнологий; Кафедра биотехнологии
Выходные сведения Москва, 2024
Коллекция Выпускные квалификационные работы
Тип документа Другой
Язык Русский
Код специальности ФГОС 19.03.01
Группа специальностей ФГОС 190000 - Промышленная экология и биотехнологии
Права доступа Доступ по паролю из сети Интернет (чтение, печать, копирование)
Ключ записи RU/ЦНБ имени Н.И. Железнова/EBVKR-20241030-94500
Дата создания записи 30.10.2024

Разрешенные действия

–

Действие 'Прочитать' будет доступно, если вы выполните вход в систему или будете работать с сайтом на компьютере в другой сети

Группа Анонимные пользователи
Сеть Интернет
Место доступа Группа пользователей Действие
Локальная сеть РГАУ-МСХА Все
Прочитать Печать
Интернет Читатели
Прочитать Печать
Интернет Анонимные пользователи
  • 6cbaed42-7d1a-4082-ba84-38955f694c80.pdf
    • Введение
    • Глава 1. Обзор литературы
      • 1.1 Описание подсолнечника
        • 1.1.1 Ботаническая характеристика подсолнечника
        • 1.1.1 Генетика подсолнечника
        • 1.1.2 Хозяйственное значение подсолнечника
      • 1.2 Описание топинамбура
        • 1.2.1 Ботаничская характеристика топинамбура
        • 1.2.2 Генетика топинамбура
        • 1.2.3 Хозяйственное значение топинамбура
        • 1.2.4 История изучения и культивирования топинамбура
      • 1.3 История изучения геномов растений
        • 1.3.1 Основные трудности, специфичные исследованиям геномов растений
        • 1.3.2 Изучение хлоропластной ДНК и её применение в генетике растений
      • 1.4 Секвенирование нового поколения
        • 1.4.1 Секвенирование в приборах Illumina
      • 1.5 Сборка генома
        • 1.5.1 Трудности, возникающие при сборке геномов
      • 1.6 Jupyter Notebook
    • Глава 2. Материалы и методы
      • 2.1 Растительный материал
      • 2.2 Приготовление полногеномных ДНК библиотек
      • 2.3 Оценка качества исходных данных секвенирования ДНК библиотек подсолнечника и топинамбура
        • 2.3.1 Рассчет метрики качества данных секвенирования Q30
        • 2.3.2 Определение контаминации данных секвенирования последовательностями адаптеров в программе FastQC
        • 2.3.3 Определение контаминации данных поли-Г стретчами
      • 2.4 Препроцессинг исходных данных секвенирования ДНК библиотек подсолнечника и топинамбура
        • 2.4.1 Обрезка поли-Г стретчей в программе Fastp
        • 2.4.2 Обрезка адаптерных последовательностей в программе Trimmomatic
      • 2.5 De novo сборка последовательностей полных хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура с использованием программ NOVOPlasty и GetOrganelle
      • 2.6 Проверка ориентации геномов из базы данных GenBank с помощью Lastz и Jupyter Notebook
      • 2.7 Автоматическое аннотирование собранных последовательностей хлоропластных геномов подсолнечника и топнамбура в программе GeSeq
      • 2.8 Множественное выравнивание хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура в программе Ugene
      • 2.9 Выявление полиморфных маркеров SNP и SSR в программе Geneious
      • 2.10 Построение филогенического дерева с IQ-tree
      • 2.11 Визуализации филогенетических отношений между хлоропластными геномами в роду Helianthus
      • 2.12 Визуализация структуры хлоропластных геномов рода Helianthus с помощью программы CPJSDraw
    • Глава 3. Результаты и обсуждение
      • 3.1 De novo сборка и аннотация хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура
      • 3.2 Филогенетический анализ
      • 3.3 Анализ границ IR у представителей рода Helianthus
      • 3.4 Анализ сходства пластомов внутри рода Helianthus
      • 3.5 Поиск кандидатных маркеров в последовательностях хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура
        • 3.5.1 Поиск однонуклеотидных полиморфизмов в пластомах подсолнечника и топинамбура
        • 3.5.2 Поиск информативных микросателлитных маркеров в пластомах подсолнечника и топинамбура
    • Глава 4. Охрана труда
      • 4.1 Общие требования безопасности
      • 4.2 Требования безопасности перед началом работы
      • 4.3 Требования безопасности во время работы
      • 4.4 Требования безопасности в аварийных ситуациях
      • 4.5 Требования безопасности по окончании работы
    • Выводы
    • Список литературы
    • Приложение
  • c0bed01a-d555-4e9f-9433-fd4273f8b5bc.pdf
    • 6cbaed42-7d1a-4082-ba84-38955f694c80.pdf
      • Введение
      • Глава 1. Обзор литературы
        • 1.1 Описание подсолнечника
          • 1.1.1 Ботаническая характеристика подсолнечника
          • 1.1.1 Генетика подсолнечника
          • 1.1.2 Хозяйственное значение подсолнечника
        • 1.2 Описание топинамбура
          • 1.2.1 Ботаничская характеристика топинамбура
          • 1.2.2 Генетика топинамбура
          • 1.2.3 Хозяйственное значение топинамбура
          • 1.2.4 История изучения и культивирования топинамбура
        • 1.3 История изучения геномов растений
          • 1.3.1 Основные трудности, специфичные исследованиям геномов растений
          • 1.3.2 Изучение хлоропластной ДНК и её применение в генетике растений
        • 1.4 Секвенирование нового поколения
          • 1.4.1 Секвенирование в приборах Illumina
        • 1.5 Сборка генома
          • 1.5.1 Трудности, возникающие при сборке геномов
        • 1.6 Jupyter Notebook
      • Глава 2. Материалы и методы
        • 2.1 Растительный материал
        • 2.2 Приготовление полногеномных ДНК библиотек
        • 2.3 Оценка качества исходных данных секвенирования ДНК библиотек подсолнечника и топинамбура
          • 2.3.1 Рассчет метрики качества данных секвенирования Q30
          • 2.3.2 Определение контаминации данных секвенирования последовательностями адаптеров в программе FastQC
          • 2.3.3 Определение контаминации данных поли-Г стретчами
        • 2.4 Препроцессинг исходных данных секвенирования ДНК библиотек подсолнечника и топинамбура
          • 2.4.1 Обрезка поли-Г стретчей в программе Fastp
          • 2.4.2 Обрезка адаптерных последовательностей в программе Trimmomatic
        • 2.5 De novo сборка последовательностей полных хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура с использованием программ NOVOPlasty и GetOrganelle
        • 2.6 Проверка ориентации геномов из базы данных GenBank с помощью Lastz и Jupyter Notebook
        • 2.7 Автоматическое аннотирование собранных последовательностей хлоропластных геномов подсолнечника и топнамбура в программе GeSeq
        • 2.8 Множественное выравнивание хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура в программе Ugene
        • 2.9 Выявление полиморфных маркеров SNP и SSR в программе Geneious
        • 2.10 Построение филогенического дерева с IQ-tree
        • 2.11 Визуализации филогенетических отношений между хлоропластными геномами в роду Helianthus
        • 2.12 Визуализация структуры хлоропластных геномов рода Helianthus с помощью программы CPJSDraw
      • Глава 3. Результаты и обсуждение
        • 3.1 De novo сборка и аннотация хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура
        • 3.2 Филогенетический анализ
        • 3.3 Анализ границ IR у представителей рода Helianthus
        • 3.4 Анализ сходства пластомов внутри рода Helianthus
        • 3.5 Поиск кандидатных маркеров в последовательностях хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура
          • 3.5.1 Поиск однонуклеотидных полиморфизмов в пластомах подсолнечника и топинамбура
          • 3.5.2 Поиск информативных микросателлитных маркеров в пластомах подсолнечника и топинамбура
      • Глава 4. Охрана труда
        • 4.1 Общие требования безопасности
        • 4.2 Требования безопасности перед началом работы
        • 4.3 Требования безопасности во время работы
        • 4.4 Требования безопасности в аварийных ситуациях
        • 4.5 Требования безопасности по окончании работы
      • Выводы
      • Список литературы
      • Приложение
  • c0bed01a-d555-4e9f-9433-fd4273f8b5bc.pdf
    • 6cbaed42-7d1a-4082-ba84-38955f694c80.pdf
      • Введение
      • Глава 1. Обзор литературы
        • 1.1 Описание подсолнечника
          • 1.1.1 Ботаническая характеристика подсолнечника
          • 1.1.1 Генетика подсолнечника
          • 1.1.2 Хозяйственное значение подсолнечника
        • 1.2 Описание топинамбура
          • 1.2.1 Ботаничская характеристика топинамбура
          • 1.2.2 Генетика топинамбура
          • 1.2.3 Хозяйственное значение топинамбура
          • 1.2.4 История изучения и культивирования топинамбура
        • 1.3 История изучения геномов растений
          • 1.3.1 Основные трудности, специфичные исследованиям геномов растений
          • 1.3.2 Изучение хлоропластной ДНК и её применение в генетике растений
        • 1.4 Секвенирование нового поколения
          • 1.4.1 Секвенирование в приборах Illumina
        • 1.5 Сборка генома
          • 1.5.1 Трудности, возникающие при сборке геномов
        • 1.6 Jupyter Notebook
      • Глава 2. Материалы и методы
        • 2.1 Растительный материал
        • 2.2 Приготовление полногеномных ДНК библиотек
        • 2.3 Оценка качества исходных данных секвенирования ДНК библиотек подсолнечника и топинамбура
          • 2.3.1 Рассчет метрики качества данных секвенирования Q30
          • 2.3.2 Определение контаминации данных секвенирования последовательностями адаптеров в программе FastQC
          • 2.3.3 Определение контаминации данных поли-Г стретчами
        • 2.4 Препроцессинг исходных данных секвенирования ДНК библиотек подсолнечника и топинамбура
          • 2.4.1 Обрезка поли-Г стретчей в программе Fastp
          • 2.4.2 Обрезка адаптерных последовательностей в программе Trimmomatic
        • 2.5 De novo сборка последовательностей полных хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура с использованием программ NOVOPlasty и GetOrganelle
        • 2.6 Проверка ориентации геномов из базы данных GenBank с помощью Lastz и Jupyter Notebook
        • 2.7 Автоматическое аннотирование собранных последовательностей хлоропластных геномов подсолнечника и топнамбура в программе GeSeq
        • 2.8 Множественное выравнивание хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура в программе Ugene
        • 2.9 Выявление полиморфных маркеров SNP и SSR в программе Geneious
        • 2.10 Построение филогенического дерева с IQ-tree
        • 2.11 Визуализации филогенетических отношений между хлоропластными геномами в роду Helianthus
        • 2.12 Визуализация структуры хлоропластных геномов рода Helianthus с помощью программы CPJSDraw
      • Глава 3. Результаты и обсуждение
        • 3.1 De novo сборка и аннотация хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура
        • 3.2 Филогенетический анализ
        • 3.3 Анализ границ IR у представителей рода Helianthus
        • 3.4 Анализ сходства пластомов внутри рода Helianthus
        • 3.5 Поиск кандидатных маркеров в последовательностях хлоропластных геномов подсолнечника и топинамбура
          • 3.5.1 Поиск однонуклеотидных полиморфизмов в пластомах подсолнечника и топинамбура
          • 3.5.2 Поиск информативных микросателлитных маркеров в пластомах подсолнечника и топинамбура
      • Глава 4. Охрана труда
        • 4.1 Общие требования безопасности
        • 4.2 Требования безопасности перед началом работы
        • 4.3 Требования безопасности во время работы
        • 4.4 Требования безопасности в аварийных ситуациях
        • 4.5 Требования безопасности по окончании работы
      • Выводы
      • Список литературы
      • Приложение
...