В статье приведены основные направления системного подхода к разработке функциональных пищевых продуктов для специализированного питания: определения вида специального питания - диетическое, диетическо- профилактическое, диабетическое, геродиетическое, спортивное и др.; научное обоснование нормативных требований к ингредиентному составу и выбор основных функциональных ингредиентов; определение методологии и биотехнологических подходов инновационного характера. Математическое моделирование полученных экспериментальных данных по разработке функциональных пищевых продуктов специализированного питания; оформление результатов и предложений по их практическому использованию. В статье так же показаны результаты использования основных направлений системного подхода в биотехнологии новых видов функциональных молочных продуктов специального питания.