В статье осуществлено теоретическое обоснование роли межорганизационных отношений в целях обеспечения межорганизационного сотрудничества агроформирований, как эффективного инструмента поддержания конкурентоспособности отечественного сектора АПК в нестабильных экономико- политических условиях. Динамичное развитие экономических отношений повлияли на использование новых методических решений, в том числе в отношении системы экономической безопасности межорганизационного сотрудничества. Для оперативного получения необходимых данных, формирования и представления в управленческом учете информации для определения уровня межорганизационных отношений организаций АПК и принятия важных управленческих решений требуется аналитический инструмент, позволяющий в сжатые сроки обеспечивать контроль развития уровня сотрудничества.