Масличный лен – сельскохозяйственная культура, масло которой является ценным источником полиненасыщенных жирных кислот. В настоящее время остро стоит вопрос о молекулярно-генетической паспортизации сельскохозяйственных растений в РФ, в том числе льна. Существующие методики обладают рядом недостатков, что обусловливает необходимость поиска новых высокоинформативных ДНК-маркеров. Целями исследований являлись in silico и экспериментальная проверка микросателлитных (SSR) маркеров из источников литературы, оценка их полиморфизма и информативности для поиска кандидатов для включения в панель ДНК-маркеров для мультиплексной ПЦР и разработки генетических паспортов сортов льна, а также определение внутрисортового полиморфизма сортов льна для оценки возможности их надежной паспортизации и дальнейшей идентификации. Для отбора оптимальных микросателлитных (SSR) маркеров был проведен биоинформатический анализ более 1300 нуклеотидных микросателлитных последовательностей из источников литературы. Критериями отбора служили: 3–6 нуклеотидный мотив, специфичность амплификации in silico и температура отжига праймеров. В результате предварительного скрининга отобрано 63 из них. Их экспериментальная проверка на 7 сортах масличного льна селекции ВНИИМК позволила идентифицировать 27 перспективных локусов. Дальнейшая валидация на расширенной панели из 23 сортов показала, что большинство маркеров обладают умеренным или низким дискриминационным потенциалом (PIC от 0,08 до 0,46). Исключение составили 4 высокополиморфных SSR-локуса: KY326304, KY326942, KY326968 и Lu2332 (PIC 0,5), которые рекомендуются для включения в итоговую панель маркеров для создания генетических паспортов. Анализ внутрисортового полиморфизма, исследованный на малых выборках с помощью 27 маркеров, выявил его низкий уровень (средние значения: Na = 1,27; Ne = 1,19; I = 0,15). Это подтверждает возможность молекулярно-генетической идентификации сортов льна. Для создания полноценной методики паспортизации необходимо продолжение исследований, направленных на разработку новых информативных SSR-маркеров с применением современных биоинформатических подходов и анализа данных геномных библиотек. //Oil flax is an agricultural crop whose oil is a valuable source of polyunsaturated fatty acids. Currently, the issue of molecular genetic certification of agricultural plants in the Russian Federation, including flax, is of high importance. Existing methodologies have several drawbacks, necessitating the search for new highly informative DNA markers. The aims of the study were in silico and experimental verification of microsatellite (SSR) markers from published sources, assessment of their polymorphism and informativeness for selecting candidates to be included in a DNA marker panel for multiplex PCR and for developing genetic passports for flax varieties, as well as determination of intravarietal polymorphism in flax varieties to assess the feasibility of their reliable certification and subsequent identification. To select optimal microsatellite (SSR) markers, a bioinformatic analysis of over 1,300 nucleotide microsatellite sequences from published sources was performed. The selection criteria included: a 3–6 nucleotide motif, in silico amplification specificity, and primer annealing temperature. As a result of preliminary screening, 63 markers were selected. Experimental testing on seven oil flax varieties bred at V.S. Pustovoit All-Russian Research Institute of Oil Crops allowed the identification of 27 promising loci. Further validation on an extended panel of 23 varieties showed that most markers exhibited moderate or low discriminatory potential (PIC values ranging from 0.08 to 0.46). The exception was four highly polymorphic SSR loci: KY326304, KY326942, KY326968, and Lu2332 (PIC 0.5), which are recommended for inclusion in the final marker panel for genetic passport development. Analysis of intravarietal polymorphism, examined on small samples using 27 markers, revealed its low level (mean values: Na = 1.27; Ne = 1.19; I = 0.15) confirming the feasibility of molecular genetic identification of flax varieties. To develop a complete certification methodology, further research is required to design new informative SSR markers using modern bioinformatic approaches and genomic library data analysis.